Osmadvacetiletý stoper Tomáš Zápotočný přestoupil do Besiktasu Istanbul z italského klubu Udinese Calcio v létě roku 2008 a má s týmem úřadujícího tureckého mistra i vítěze poháru smlouvu do 30. 6. 2010.
Kontrakt o hostování má přestupovou opci. "V silném kádru Besiktasu došlo během léta k řadě změn a trenéři mu nabídli možnost uplatnit se jinde, kde by měl větší příležitost hrát v základní sestavě. Jednali jsme se třemi tureckými kluby a nejvážnějším zájemcem byl Ankaraspor, který chtěl Tomáše na přestup. Nakonec se Besiktas rozhodl jinak," řekl Pavel Paska.
Tomáš Zápotočný začal hrát českou nejvyšší fotbalovou soutěž v roce 1999 v Příbrami a na domácí scéně na sebe nejvýrazněji při angažmá ve Slovanu Liberec (2002 – 2006). Za Slovan odehrál 96 utkání a byl i úspěšným střelcem, jako stoper dal 14 branek.
V roce 2006 byl byl jedním z lídrů týmu v cestě za titulem. Poté přestoupil do Udinese a odtud v létě roku 2008 odešel společně s Tomášem Sivokem do Besiktasu, s nímž vyhrál tureckou ligu i domácí pohár.
Za reprezentační A mužstvo České republiky nastoupil od 16. srpna 2006 do 22. srpna 2007 ve čtyřech mezistátních zápasech proti Srbsku, San Marinu, Dánsku a Rakousku.